Mikrobiom żywego organizmu, czy to zwierzęcia, czy człowieka to zespół mikroorganizmów zasiedlających ciało żywego osobnika. Najczęściej mówi się o mikrobiomie układu pokarmowego. Przyjmuje się, że liczba mikroorganizmów zasiedlających ludzki przewód pokarmowy jest dziesięć razy większa, niż liczba wszystkich komórek ludzkiego organizmu i może ważyć nawet dwa kilogramy.
A co to jest nekrobiom? To wszystkie mikroorganizmy, bakterie, grzyby i niektóre protisty (organizmy eukariotyczne, czyli posiadające jądro komórkowe, nie będące roślinami i grzybami), odpowiadające za rozkład martwej tkanki.