Farmaceuci wielokrotnie wskazywali na konieczność zabezpieczenia aptek przed negatywnymi skutkami obniżania cen leków refundowanych. Naczelna Izba Aptekarska przekonuje, że istniejący mechanizm jest "głęboko niesprawiedliwy", ponieważ nie przewidziano w nim rozwiązań rekompensujących aptekom ponoszone szkody. Samorząd farmaceutów szacuje, że w 2012 r. straty te wyniosły łącznie 90 mln zł, a w 2013 r. - ponad 59 mln zł.
Rzeczniczka resortu zdrowia Milena Kruszewska pytana przez PAP o problem zgłaszany przez aptekarzy podkreśliła, że "że stanowisko ministerstwa zdrowia jest zbieżne ze stanowiskiem rządu, iż decyzje refundacyjne nie powinny negatywie rzutować na funkcjonowanie podmiotów działających na rynku farmaceutycznym".