Może się zdarzyć, że kwota zapłaconych przez płatników zaliczek na podatek będzie wyższa niż podatek wynikający z zeznania rocznego. Tak może się stać, jeśli w rocznej deklaracji PIT podatnik wykaże odpowiednie ulgi albo też rozliczy się z małżonkiem zarabiającym znacznie więcej lub mniej. Wtedy może się okazać, że wystąpiła nadpłata podatku.
W takiej sytuacji podatnik nie musi występować z żadnym dodatkowym wnioskiem o stwierdzenie takiej nadpłaty ani o dokonanie jej zwrotu. Funkcję takiego wniosku w praktyce spełnia samo zeznanie roczne z wykazaną kwotą nadpłaty. Jeśli podatnik ma zaległości podatkowe, to nadpłata jest automatycznie zaliczana na poczet ich odpowiedniej redukcji.