NSA uchylił postanowienie wstrzymujące wykonanie zarządzenia o połączeniu tych muzeów. Wydał je minister kultury i dziedzictwa narodowego Piotr Gliński. Wyrok NSA oznacza, że może powstać jedno.
Zarządzenie zaskarżył do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie dyrektor Muzeum II Wojny Światowej oraz rzecznik praw obywatelskich. Zdaniem rzecznika zarządzenie ministra wkracza bezpośrednio w sferę samodzielności jednostki samorządu terytorialnego. Gdańsk jest w istotnej części zarządcą muzealnych obiektów. Zarządzenie ministra jest również niezgodne z ustawą o działalności kulturalnej. Utworzone przez ministra Muzeum Westerplatte powołano do życia dla pozoru. Rzeczywistym celem wydania zarządzenia było doprowadzenie do likwidacji funkcjonującego od ośmiu lat Muzeum II Wojny Światowej i całkowita zmiana profilu powstałej w ten sposób instytucji muzealnej.